Aliás, o rio Juruena, junto com o Teles Pires e o Tapajós são, na opinião do ictiólogo Flavio Lima, da USP, alguns dos rios que deveriam receber maior proteção no país. Banham regiões pouco densas e de biodiversidade quase totalmente desconhecida, ainda que com fortíssima pressão de desmatamento. Diversos empreendimentos hidrelétricos estão sendo aprovados, como a sequencia de PCHs no Teles Pires e duas grandes usinas na ordem de 700 MW coladas a terras indígenas Kayabi e Mundurucu (MT-PA), fora os projetos de hidrovia. Tudo isso está saindo antes que se conheça minimamente a riqueza de fauna nesses rios.